В этом ведомстве Ковалёв работает с две тысячи одиннадцатого года. После назначения директором департамента Андрея Саносяна стал его заместителем. В начале июля изменилась структура областного правительства, Саносян сосредоточился на работе первым заместителем губернатора, а Владимир Ковалёв назначен исполняющим обязанности руководителя регионального промышленного ведомства.