Ранее он работал в Военно-медицинской академии имени Кирова, на кафедре клиники инфекционных болезней. В 2020 году Алексей Сигидаев руководил сводным медицинским отрядом Министерства обороны РФ, который был направлен в Зауралье, чтобы помочь в лечении больных коронавирусом.